В 1938 году Вачским райвоенкоматом был призван в Красную Армию и направлен в военное училище. В 1940 году окончил Омское военное пехотное училище. Службу проходил на Дальнем Востоке.

В боях Великой Отечественной войны с августа 1942 года. Участвовал в обороне Сталинграда, а затем в ликвидации окруженной вражеской группировки. В 1943 году вступил в ВКП(б). Особо отличился в боях при форсировании Днепра и удержании плацдарма на правом берегу.

23 сентября 1943 года батальон гвардии капитана Пестрякова с ходу и без больших потерь форсировал реку Днепр в районе деревни Щученки (ныне село Балыко-Шучинка Кагарлыкского района Киевской области). Выбив противника с господствующей высоты, батальон в течение двух суток удерживал ее, отбивая яростные атаки врага. Своими действиями способствовал успешной переправе через реку других подразделений. Только за 25 сентября было отбито 9 атак противника, поддержанных танками и авиацией. Комбат лично водил своих подчиненных в атаку. 26 сентября вражеская пуля оборвала жизнь командира.

Указом Президиума Верховного Совета СССР от 13 ноября 1943 года за мужество и героизм, проявленные при форсировании Днепра и удержании плацдарма гвардии капитану Пестрякову Василию Алексеевичу присвоено звание Героя Советского Союза посмертно.

Похоронен в селе Балыко-Шучинка Киевской области.

Награжден орденами Ленина, Красного Знамени.

В селе Арефино установлен бюст Героя. Его имя носят улица в этом селе и школа.